Много законно съществуващи и действащи в Унгария църкви, включително деветте, представлявани от Унгарски съюз за граждански свободи (УСГС), се обърнаха към Европейския съд по правата на човека (ЕСПЧ) за решение относно църковния закон от 2012 г. Той задължи всички църкви да започнат процедура по пререгистрация, по време на която правителството може да прецени кои църкви да получат статут и държавни субсидии. Много църкви, които не са били от полза на правителството, не успяват отново да получат църковен статут. В жалбата си до Съда, те заявиха, че законът е дискриминационен и нарушава правото на свобода на вероизповеданията.
Решнието на Съда срещу Унгария
ЕСПЧ се произнесе по делото Magyar Keresztény Mennonita Egyház и др. срещу Унгария на 08.04.2014 г. Съдът реши, че църковният закон нарушава правата на църквите-жалбоподатели на свобода на мисълта, съвестта и религията и на свобода на сдружаването, които са защитени от Конвенцията.
Съдът пише, че "премахвайки изцяло църковния статут на жалбоподателите, вместо да приложи по-леки мерки, предвидени от политически мотивираната процедура по пререгистрация, чиято обосновка сама по себе си буди съмнение, както и третирайки кандидатите по различен начин от вече учредените църкви от гледна точка на възможностите за сътрудничество и осигуряването на облаги за целите на религиозната им дейност, унгарските власти пренебрегват задължението си за неутралитет". Според Съда, в едно демократично общество няма належаща обществена нужда, която да оправдае тези законодателни стъпки.
Отхвърлянето на иска за сезиране на Голямата камара на ЕСПЧ
Унгарското правителство поиска делото да бъде разгледано от Голямата камара на ЕСПЧ. Тя се сезира само в изключителни случаи и има свободата да прецени допустимостта на иска. В този случай, петчленният състав на Голямата камара не намери основания за преразглеждането на първоначалното решение, като по този начин то стана окончателно.
Пряката последица от окончателното съдебно решение е, че унгарското правителство ще трябва да постигне споразумение с църквите относно възстановяването на статута им и обезщетението за претърпените вреди. Ако такова споразумение не бъде постигнато в рамките на шест месеца, въпросите ще бъдат уредени от ЕСПЧ.
Унгарският Конституционен съд също установи противоконституционността на църковния закон (Решение 6/2013 [III. 1]), но вместо да инициира законодателство, което да възстанови свободата на вероизповеданията и религиозната равнопоставеност, правителството продължи с настоящия закон, като измени Конституцията на Унгария.
Отрезвяващо решение за правителството
Според решението на ЕСПЧ, както църковният закон, така и Конституцията в сегашния ѝ вид, нарушават Конвенцията за защита на правата на човека. Според УСГС, това решение трябва да отрезви правителството и да го накара да осъзнае, че тази атака срещу религиозната свобода не може да продължи. Освен обезщетяване и възстановяване на църковния статут, Унгария ще трябва да отмени направените измененията в църковния закон и в Конституцията.
"В случай че не приведе законодателството си в съответствие с Конвенцията, Унгария ще бъде отговорна за явното нарушаване на международните си задължения" - каза Szabolcs Hegyi - адвокат към програмата на УСГС "Свобода на съвестта".